2003
3月17日、当時浙江省委書記であった習近平は浙江省党政代表団を連れ、清華大学を訪問し、省と大学共同で浙江清華長三角研究院を設立することを検討する。
12月31日、浙江省人民政府と清華大学は正式に浙江清華長三角研究院を設立ることを契約した。当時浙江省省委書記習近平、省長呂祖善、当時清華大学党委書記陳希、学長顧秉林などはサイン式に出席した。
2004
3月23日、当時浙江省書記であった習近平は研究院の工事現場を視察し、進捗状況の報告を受ける。
7月28日、研究院初の科学研究開発プラットフォームであった集積光学研究所（後日「先進製造技術研究所」に改名した）が設立された。
2005
4月10日、研究院本部定礎式で、当時浙江省省委書記習近平、当時清華大学学長顧秉林共同で研究院看板を除幕した。
2006
1月13日、研究院生物技術所、医薬研究所、バイオエンバイロンメント研究所が設立。
2007
11月10日、研究院は全国初の「主要汚染物質排出権取引規則」を創出し、嘉興市で中国初の「汚染物質排出権取引センター」を建設することを推進する。
12月13日、研究院情報技術研究所が設立。
2008
10月29日、当時中共中央政治局常務委員、国家副主席習近平は研究院を視察し、設立以来の発展成果を評価する。
2009
10月25日、長江デルタ科学機器産業イノベーション同盟が設立。
12月22日、第一回「海外若手創業者浙江ツアー」が杭州で開催された。
2010
1月8日、研究院は深創投集団（深圳イノベーション投資集団）など共同で「紅土創業投資ファンド」を発起した。このファンドは当時浙江省の中に独立登録した最大のイノベーション投資ファンドであった。
7月17日、当時中共中央政治局委員、国務委員劉延東は研究院を視察し、研究院独自の「政、産、学、研、金、介、用」イノベーションモデルを評価する。
2012
研究院は三つの省レベルのイノベーションプラットフォーム、浙江省応用酵素学重点実験室、浙江省水質科学技術重点実験室、浙江省科学器産業技術イノベーションサービスプラットフォームを建設した。
2014
4月15日、研究院分析検証センターが設立。
5月11日、習近平総書記が研究院十年間の発展成果を書面で評価する。
9月23日、国家食品安全リスク評価センター、応用技術コーポレートセンターは研究院でオーペン。
2015
2月12日、研究院現代農業工程技術研究所が設立。
2016
6月7日、全国初の専門科学技術保険会社「太平洋科技保険有限公司」の許可が下り、研究院で経営活動を展開する。
9月28日、研究院発起する中国初の金融資産取引所「南湖金融資産取引センター」の許可が下りた。
12月16日、研究院は国家級国際合作基地として認定された。
2017
4月20日、研究院が研究開発、資本投資を参与する年間生産量5万台の純電気自動車プロジェクトは全国第13番目の純電気自動車として、電動自動車産業への参入資格を取得した。
8月19日、研究院が発起した浙江清華フレキシブルエレクトロニクス技術研究院が成立。
2018
1月20日、研究院が発起した浙江未来技術研究院が完成。
6月22日、研究院本部ビル第三期建設正式スタート。
6月26日、研究院は国家海外人材イノベーション創業基地として認可された。
10月19日、浙江省と清華大学は「省と大学の合作を強化し、新時代のイノベーション発展戦略を推進する」のMOUを杭州でサインする。